《甲铁城的卡巴内瑞：海门决战》将故事置于产业革命推动世界由近世迈向近代的时代。此时，不死的怪物突然现身。它们全身覆盖着钢铁般的皮膜，只要心脏没有被破坏便无法消灭；被其啃咬的人，也会在死去后重新复生，继而袭击人类。人们将这些怪物称为“卡巴内”，而它们也迅速扩散，最终遍布全世界。
在远东岛国日本，人类只能依靠穿越战线、全身覆有厚重装甲的蒸汽机车“骏城”抵抗卡巴内。生驹等人搭乘甲铁城幸存下来，并来到面向日本海的废弃驿站“海门”。在那里，他们与玄路、虎落以及海门的居民组成联合军，试图制定击退卡巴内的作战计划。
然而，生驹很快发现，海门附近的卡巴内似乎受到某种力量统领，能够进行有组织的集体行动。他将这一发现报告给联合军，却没有得到重视，反而因为自己是卡巴内利而遭受虐待。愤怒之下，失去冷静的生驹决定独自闯入敌境。
与此同时，无名也开始对始终支持着自己的生驹产生了不同以往的感情。就在这时，她得知生驹准备独自深入敌营的消息。面对全新的卡巴内威胁，生驹与无名将迎来怎样的战斗，他们的命运又将走向何方？
