《伯爵与妖精》讲述了少女莉迪雅（水树奈奈 配音）的故事。由于天生拥有看见妖精的能力，她一直遭受同伴排斥与孤立，但莉迪雅并未因此放弃，反而决定凭借这份特殊能力，成为一名专门调解人类与妖精事务的妖精博士。
一天，莉迪雅在渡轮上遇见了神秘的金发青年爱德格（绿川光 配音）。爱德格自称是青骑士伯爵，并拜托莉迪雅帮忙寻找一把遗失的宝剑，因为那把剑是证明他身份的重要信物。莉迪雅因此与爱德格订下契约，两人共同踏上寻剑之旅。
与此同时，城市中发生了一系列臭名昭著的强盗案件，而被通缉的犯人与身份来历不明的爱德格极为相像。一直形影不离地跟随在爱德格身边的少年随从雷温（杉田智和 配音），也逐渐显露出可疑之处。爱德格究竟是不是真正的伯爵？在他背后，又隐藏着怎样不为人知的身世？随着调查不断深入，莉迪雅也一步步接近了事件的真相。
