真嗣（绪方惠美 配音）与葛城美里（三石琴乃 配音）在参拜母亲坟墓返程时，遭到第七使徒袭击。危急关头，2号机以压倒性的力量击败敌人，真嗣也因此认识了它的驾驶员式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。相较于沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音），明日香性格自信张扬，甚至带着几分自负。随着三人共同生活，真嗣与明日香之间不断发生令人啼笑皆非的摩擦。面对第八使徒的猛烈进攻，他们分别驾驶零号机、初号机和2号机迎战，生死并肩之间，三个年轻人心中也悄然萌生出淡淡情愫。紧接着，第九使徒与第十使徒相继来袭，真嗣等人不得不迎接更加残酷的生死考验。本片是《福音战士新剧场版》四部曲的第二部。
