《时光沙漏》讲述了森谷美铃（伊藤美来配音）的故事。性格内向的她总是习惯躲在角落里，刻意与他人保持距离，但内心深处其实一直渴望拥有真正的友情。美铃拥有让时间停止三分钟的特殊能力，每当能力发动，她便会趁着周围的一切陷入静止，好奇地观察身边的人。
某天，美铃再次让时间暂停，并在好奇心驱使下偷看了班级人气美少女村上遥（宫本侑芽配音）的内裤。村上遥不仅外表出众，成绩也名列前茅，在校园里备受欢迎。然而，令美铃始料未及的是，自己的偷窥行为竟被村上遥完整地看在眼里。更不可思议的是，村上遥似乎完全不受时间停止的影响。
