《约定的梦幻岛第一季》的故事发生在恩典农场的一所孤儿院。这里住着36名失去亲人、无家可归的孩子，他们每天除了劳作和玩耍，还要接受学习与测验。在众多孩子中，艾玛（诸星堇 配音）和诺曼（内田真礼 配音）表现得最为出色。负责照顾和管理他们的女性名叫伊莎贝拉（甲斐田裕子 配音），孩子们亲切地称她为“妈妈”。
每隔一段时间，就会有一名孩子被“收养”并离开农场，而这也成为所有孩子共同憧憬的人生目标。然而一次偶然的发现，让艾玛揭开了恩典农场隐藏的真相：那些离开的孩子并没有被真正收养，而是被送去屠宰。原来，生活在农场里的孩子们，竟是这座农场饲养的“牲畜”。
