《高达创形者》的故事发生在名为“次元”的电脑虚拟空间中。这里有一款最新网络游戏“高达模型战斗：创形者网络”（GBN），玩家可以使用高达模型，挑战各种各样的任务。中学生三上陆和好友日高雪绪，在同班同学矢代桃香的加入下，一同踏入了这个广阔的虚拟世界。
成为GBN居民“潜行者”后，他们遇见了对高达模型拥有奇妙感受的少女莎拉，并与她一起展开行动。与此同时，陆还将在游戏中接触到自己憧憬的冠军九条京也等知名潜行者，见识由多名潜行者组成的团队系统“部队”，以及利用非官方工具“破坏贴纸”进行妨碍的“破坏潜行者”。在一次次相遇与历练中，陆和伙伴们不仅打造着属于自己的高达模型，也一步步构筑起专属于他们的冒险。
