《进击的巨人外传：无悔的选择》讲述了利威尔、法兰和伊莎贝尔的故事。为了躲避巨人袭击，人类曾修建地下街道，但相关计划很快被废止，这里也逐渐沦为贫民和无法之徒聚集的场所。利威尔（神谷浩史 配音）与好友法兰凭借自学掌握了立体机动装置，一直梦想着有朝一日能够重见阳光。一次偶然的机会，两人救下了正遭人追杀的女孩伊莎贝尔。为了拥有保护自己的力量，伊莎贝尔请求他们教自己使用立体机动装置。随后，三人受一名神秘政客召唤，接下了一项绝密任务，并以此换取前往地面居住的机会。然而行动过程中，他们遭到了调查团的追捕。调查团成员埃尔文·史密斯（小野大辅 配音）看中了利威尔等人的实力，便将三人招入调查团。三个少年终于如愿踏上地面，却始终没有忘记那项尚未完成的任务。
