《致曾为神之众兽》的故事发生在帕特里亚大陆。这个以民主主义为基础建立的国家，因经济失衡分裂为北部帕特里亚同盟与南部帕特里亚联合，双方之间展开了持续多年的内战。
战局陷入劣势的北部帕特里亚，为了击败南部，启用了将人类改造成异形士兵的禁忌技术。接受改造的人类必须舍弃原本的外貌，换取足以媲美神明的力量。这些被称为“拟神兵”的存在最终扭转战局，结束了漫长的战争，也因此被视为拯救国家的英雄，迎来了和平时代。
然而，随着战争逐渐成为历史，曾经的英雄却因体内那股强大的力量而被人们视作“野兽”，遭到恐惧与蔑视。原拟神兵部队队长汉克，如今化身为专门猎杀那些堕落为“野兽”的拟神兵战友的“猎兽者”，踏上了漫长的旅途。
旅途中，汉克遇见了少女夏尔。为了寻找杀害自己身为拟神兵的父亲的仇人，并查明父亲死亡的真相，夏尔决定与汉克同行。随着调查不断深入，两人逐渐接近战争不得不持续的真正原因，也得知了汉克一直在追寻的“释放野兽的男子”这一神秘存在。
背负着杀害昔日伙伴之罪的汉克，最终将在这场漫长旅途中抵达怎样的终点？
