《摇曳百合3》的故事发生在七森中学。由于人气低迷，茶道社最终面临被迫解散的悲惨命运。天真单纯、懵懂无知的赤座灯里（三上枝织 配音），开朗热情却常常失控的岁纳京子（大坪由佳 配音），沉默寡言、负责吐槽的船见结衣（津田美波 配音），以及外表可爱无害、实则腹黑的吉川千夏（大久保瑠美 配音），四名女生占用了茶道社的活动教室，并在其中另行成立了娱乐部，热闹的校园故事也由此展开。
娱乐部的存在很快引起了学生会的注意。身世神秘的学生会长松本理世（后藤沙绪里 配音）和性格傲娇、口是心非的副会长杉浦绫乃（藤田咲 配音）相继介入，让原本就充满欢声笑语的社团生活变得更加热闹。
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