《扫黑重案组》中，刑警队突然接到统一百货的报案：有人向这座全市最大的商场勒索，并以炸毁百货大楼相威胁，目标直指公司老总陈金堂。刑警队长程东立即率领重案组展开调查，却始终找不到突破口。随着侦查深入，他们发现这起带有黑社会性质的敲诈案，竟与盲女绑架案、市长助理遇害案以及高速公路收费员被杀案存在千丝万缕的联系。
几起案件中的犯罪手法都异常利落，作案过程更是残忍冷酷，重重迹象表明，幕后似乎有一个组织严密的黑社会集团在暗中操控一切。就在重案组历经艰辛、逐渐接近真相之际，程东却因涉嫌奸杀三陪小姐而被捕入狱，刑侦局长也因此被勒令休假。案件陷入新的迷局，人性由此经受严峻考验，善恶是否真的泾渭分明，黑白之间又是否存在绝对界限。
