《四十九日·祭》讲述了1937年南京沦陷后的惨烈岁月。日本帝国主义侵略者攻陷这座古都，数万军民惨遭杀害，昔日繁华的南京一片血火，沦为满目疮痍的人间地狱。侵略者不仅无视国际条约，还企图染指由西方国家划定的安全区。
炮火与硝烟之中，位于南京城中央的圣马德伦教堂仍然矗立，并竭力为前来避难的人们提供庇护。神父不肯离开，法比（张嘉译 饰）也强撑着留下，与他一同守护这片最后的容身之地。生活在社会底层的玉墨（宋佳 饰）、春池（高叶 饰）、豆蔻（张可佳 饰）等人辗转来到教堂避难，即使身陷困境，仍难以摆脱来自同胞的轻视与嘲讽。随着命运不断施加更加残酷的考验，法比、戴涛（胡歌 饰）等人为了守护至高无上的生命，共同经历了一场刻骨铭心的人性洗礼……
