南少林三十六房带观众重回李小龙时代，以真刀真枪的功夫呈现精彩打斗。曾在好莱坞享有盛誉的袁祥仁率领袁家班众兄弟设计武打场面，全片依靠真功夫，彻底摒弃电脑特技。两位真实历史人物与一段虚构的爱情故事交织在一起，袁咏仪、吴京替古人跨越时空，演绎一场刻骨铭心的恋情。宫廷、江湖与少林寺相互牵连，复仇、红尘和未了情缘共同展开一段剪不断、理还乱的乱世儿女情。
故事从圆明园开始。深夜，一名宫女在太医的掩护下潜入雍正寝宫并发动袭击。雍正暴毙，遗体下葬时因人头失踪，只能以一颗金头代替。乾隆继位后，立即暗中追查刺杀雍正的凶手。经过多番搜查，线索逐渐牵扯到雍正时期文字狱的最大……
