《代号2016》讲述了1941年天津的抗战故事。进步青年、英租界警务处探长冯九思亲眼目睹入党介绍人牺牲后，更加坚定了加入中国共产党的决心。与此同时，日军大本营派阴险狡诈的小仓直人前往天津，秘密筹划占领英法租界，并利用残忍的秋本对当地抗日组织展开一连串破坏。
在查明小仓直人阴谋的同时，冯九思还必须向中共党组织证明自己的清白。中共上级领导安排办案经验丰富的冯九思与杨炳新合作，但两人起初配合不畅。随着共同与日军斗争，他们在保卫国家、追求理想的信念支撑下逐渐了解彼此，并在一次次生死考验中建立起深厚信任。最终，两人付出巨大牺牲，成功揭穿小仓直人的阴谋，保护了抗日组织的安全。
