《航海家》讲述了富有的罗洛·特雷德韦（巴斯特·基顿饰）突然向街对面的邻居贝琪·奥布莱恩（凯瑟琳·麦奎尔饰）求婚，并让仆人预订了前往檀香山的蜜月航程。然而贝琪拒绝了这场突如其来的求婚，罗洛仍决定独自出发，当晚便登船启程。由于码头号码被部分遮挡，他误上了“航海家号”——这艘船刚被贝琪的富有父亲（弗雷德里克·弗鲁姆饰）卖给一个正处于战争中的小国。与此同时，敌对的另一个小国派出的特工准备将船放流。贝琪的父亲前来查看船只时，被特工抓住并捆绑起来。听到父亲呼救的贝琪登船寻找他，却正好赶在船只被解开缆绳前登上甲板。于是，“航海家号”载着两名毫不知情的乘客漂向太平洋深处。
罗洛和贝琪最终在船上重逢。起初，两人连照顾自己都十分困难，但经过数周后逐渐适应了漂泊生活。有一次，他们发现一艘海军舰艇，便升起一面鲜艳的旗帜求救，却不知道那是代表船只正在检疫的信号，结果海军舰艇反而调头离去。后来，船只在一座有人居住的热带岛屿附近搁浅并出现破洞。罗洛穿上深海潜水服潜入水下修补船身时，当地黑人居民划着独木舟赶来，将贝琪掳走。罗洛浮出海面后，居民受到惊吓而逃散，他趁机救出贝琪，将她带回船上。居民随后再次返回并试图登船，经过一场激烈搏斗，罗洛和贝琪乘坐小艇逃离。然而小艇很快开始下沉，居民又划船追上了他们。就在一切似乎都已无望之际，一艘海军潜艇从他们下方浮出水面，及时将两人救起。
