《百花缭乱，武士后谈》的故事发生在平成二十几年、21世纪的日本。自江户时代延续至今的德川幕府仍在统治国家，第25代将军德川庆康治下的日本迎来了一段繁盛时期。
在距离首都一百公里、坐落于圣峰富士山麓的武应学园里，由德川家成员组成的学生会展开了针对反抗势力丰臣派的丰臣狩猎，一场席卷整个学园的风暴由此掀起。柳生宗朗就读于武应学园，同时担任柳生道场的代理教练。他对学生会发起的丰臣狩猎行动心存疑惑，某天独自在道场练习时，一名全身赤裸、携带大小两把日本刀的少女突然穿过屋顶坠落而下。
少女自称柳生十兵卫三严，并凭借华丽高超的剑术击退了率领风纪委员会前来袭击的服部半藏。
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