故事以现代日本为舞台，讲述了忍者与极道之间延续至今的激烈对抗。1657年，明历大火背后，江户守护者神赛惨蔵与极道始祖、江户首任任侠幡随院长兵卫展开死斗，也由此埋下了忍者与极道之间绵延至今的宿怨。
对于那些被社会排斥的人而言，极道是他们唯一能够依靠的归宿；然而，由于极道不断犯下恶行，忍者们也始终在暗中对其展开袭击，试图将这一势力彻底消灭。竹本组的“幕后组长”、同时也是“破坏之八极道”成员之一的辉村极道，为了消灭所有忍者，使用了能够极度强化身体能力的毒品“地狱回数券”，并在东京各处制造大规模骚乱，以此引诱那些察觉到恶行后赶来的忍者现身。
骚乱之中，隶属于“帝都八忍”的一名忍者遭到杀害。这个不受法律与权力束缚、专门阻止极道恶行的忍者团体因此陷入悲愤，包括“多仲忍者”在内的同伴们也燃起了向极道复仇的怒火。
与此同时，表面上过着高中生生活的少年“忍者”（忍叶），以及表面身份是精英上班族的青年“极道”（极美），因为共同喜爱女童向动画《公主系列》而逐渐意气相投……
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