影片《黑暗机器》讲述了一个被全球玩家狂热追捧的电竞项目Dark Machine。这个项目不仅风靡世界，甚至改变了日本的经济体系。日本唯一被指定为Dark Machine经济特区的城市黄金谷，也因此成为各方瞩目的中心。
统治黄金谷顶端的，是继承了Dark Machine最强玩家称号“千鬼”的第七代千鬼阿吉玛。凭借在Dark Machine中的绝对实力，阿吉玛逐渐成为黄金谷的实际统治者。
主人公海里一直牢记着亡故祖父留下的遗言：去找千鬼。为此，他来到黄金谷，并意外遇见了正遭到阿吉玛手下阿流堕美瑠追捕的少女鲁朵拉。海里由此被卷入一场纷争，成为Dark Machine的玩家。在经历数场激烈对决后，他潜藏的才能逐渐觉醒。
面对站在Dark Machine顶点的千鬼，海里能否与之对峙，开辟属于自己的命运？以登上Dark Machine的最高峰为目标，他的战斗就此开始。
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