八国联军攻入北京后，朝廷仓皇出逃，天下局势陷入动荡。黄飞鸿（赵文卓饰）带着父亲黄麒英（刘询饰）、十四姨（王静莹饰）、徒弟梁宽（莫少聪饰）和鬼脚七（熊欣欣饰）一路南下番禺，准备与十三姨（关之琳饰）、猪肉荣（郑则仕饰）及牙擦苏（郭晋安饰）会合。
途中，他们因担心南粤米仓遭海盗劫掠而与当地人发生冲突，双方在一番交手后化解误会。黄飞鸿协助众人将盗米贼押送官府，却发现幕后主使竟是差役领班谢四（张铁林饰）。原来，南海海盗趁时局混乱频繁出没，番禺一带早已失去官府管治，差役们只能靠偷米来维持生计。得知真相后，黄飞鸿敬佩谢四等人的忠义，决定放弃前往香港的计划，留下来与单眼英、张玉麟、张保仔等当地海盗展开一场场激烈搏杀。本片是徐克执导的黄飞鸿系列第五部作品。
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