2043年7月1日，犯罪大王将军（卢惠光饰）落网。一周后，铁面无私的法官余铁雄（张卫健饰）将负责审理此案。为阻止审判，将军派手下健（郑伊健饰）回到50年前寻找铁雄，并对他进行洗脑。政府得知计划后，立即派出飞龙特警铁面（刘德华饰）、扫帚头（张学友饰）和发达星（任达华饰）穿越回1993年，负责保护铁雄。
此时的大雄是1993年一所中学里的留级生，长期遭同学余忌安（许志安饰）欺负和毒打，只有女友采妮（杨采妮饰）真心对待他。飞龙三名特警混入学校展开行动：扫帚头伪装成老师，铁面成为大雄的同学，发达星则当上他的跟班。他们不仅帮助大雄击退忌安，还试图从他口中打听铁雄的下落，没想到大雄却坚称校内根本没有一个叫铁雄的人。
与此同时，健也假扮老师潜入学校。另一边，大雄的母亲准备改嫁给理查德余。面对接连而来的意外，飞龙特警最终能否顺利完成任务？
