《新流星蝴蝶剑国语》讲述明朝中叶，东、西两厂势力相互倾轧、争斗不休。东厂曹公公麾下有三大高手：孟星魂（梁朝伟饰）、高老大（杨紫琼饰）和叶翔（甄子丹饰），小王爷（林志颖饰）也在暗中相助。高老大经营着快活林，孟星魂与叶翔都是她自幼收养的结拜弟弟，三人情同手足。然而，叶翔一直暗恋大姐，高老大却倾心于孟星魂；孟星魂则与八卦门掌门之女小蝶（王祖贤饰）相爱，而小蝶此时已经怀有他的骨肉。
复杂纠葛的感情让四人备受煎熬。与此同时，孟星魂与高老大接下了一项重任：刺杀孙玉函（徐锦江饰），并将西厂李公公控制下的聚贤山庄一举铲除。面对危机四伏的任务，他们能否顺利完成使命？四人之间的感情又将走向何方？
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