《全城戒备粤语》中，奇艺坊马戏团正在马来西亚巡回演出，团员们偶然得知二战时期日本人遗留下宝藏的消息。飞刀高手张大初（邹兆龙 饰）带着另外四人杀害寻宝者，妄图借此独吞宝藏。一直梦想成为飞刀行家的小人物桑尼（郭富城 饰）悄悄尾随而来，并目睹了张大初等人行凶的全过程。随后，他被迫跟随众人进入山洞，却意外启动了日军遗留的生化武器。历经一番难以想象的磨难后，桑尼侥幸逃出生天，却变成了模样怪异的变异人。
与此同时，香港接连发生多起抢劫案。行凶者不仅赤手空拳，手段也异常残忍，原来正是受到毒气感染而发生变异的张大初等人。一连串案件震动全港，警方于是从内地请来高手孙皓（吴京 饰）和程秀华（张静初 饰）协助调查。另一边，桑尼也在命运的推动下，化身为对抗邪恶的正义使者。
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