《海的沉默》围绕一场轰动事件展开：世界级画家田村修三（石坂饰）举办展览期间，现场被发现有一幅作品竟是赝品。究竟是谁创作了这幅伪作？随着媒体连续报道，北海道小樽又发现了一具女尸，而一个神秘男人也逐渐浮出水面——他正是曾被誉为绘画界新锐天才、却因某起事件从公众视野中消失的津山龙次（本木饰）。
得知消息后，龙次昔日的恋人、如今已成为田村妻子的安奈（小泉饰）前往小樽。原以为此生不会再见的两人，就此重新相遇。与此同时，长期侍奉龙次的神秘人物费克塞·水肯（中井饰）、调查伪作事件的美术鉴定权威清家（仲村饰）、浑身刺青的女人牡丹（清水饰），以及仰慕龙次的调酒师蓟（菅野饰）也相继登场。每个人的命运，都与龙次始终追寻“真正的美”的信念交织在一起。随着他的画笔再次落下，一场充满悬念的故事徐徐展开，深沉的爱情与刺痛人心的人性，也将在画布与银幕上逐一显现。
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