《透明的我们》讲述了这样一个故事：2024年的涩谷，一名身份不明的青年制造了一起凶杀案。周刊杂志撰稿人碧（あおい）调查事件时，发现凶手或许正是自己的高中同学。为追寻真相，她与多年未曾联系的伙伴们重新相聚。
随着调查深入，碧不断回望自己的高中时代，尘封已久的记忆也逐渐苏醒。文化祭当天究竟发生了什么？那段被遗忘的过去，又与眼前的案件有着怎样的联系？在追查“谁制造了这起事件”以及“对方为何如此行事”的过程中，过去与现在的种种事件逐步交织，一场围绕真相展开的群像悬疑就此展开。
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