在不远的未来，海平面因不明原因急剧上升，世界大部分陆地逐渐被海水吞没。少年斑鸠夏生幼年时因一场事故失去了一条腿，早已厌倦都市生活的他搬到海边的一座乡村小镇。曾是海洋地质学家的祖母去世后，只给他留下了一艘船、一艘潜水艇，以及一笔沉重的债务。
为了找回自己“失去的未来”，夏生在神秘讨债人凯瑟琳的陪同下潜入海底，寻找传闻中存放着祖母遗产的仓库。就在仓库深处，他发现了一名沉睡在棺材般装置中的不可思议少女——亚托莉。她是一台构造精密、几乎与人类无异，并且拥有丰富情感的机器人。被从海底打捞出来后，亚托莉向夏生说道：“我想完成主人留给我的最后命令。在那之前，我会成为夏生先生的腿！”
就这样，在这座逐渐沉入海中的宁静小镇，少年与机器人少女共同度过的难忘夏日拉开了序幕。该作改编自Front Wing与枕发行的同名游戏《ATRI -My Dear Moments-》，并已宣布进行动画化。
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