德川幕府第三代将军家光执政时期，天下太平，百姓安居乐业。民间却流传着三件神秘神器的传说：大帝之剑、斗神独钴杵和犹大的十字架。据说，这三件以宇宙金属铸造而成的宝物，能够赋予持有者征服世界的力量。
武士万源九郎（阿部寛 饰）正是大帝之剑的持有者。遵照父亲临终前的遗言，他踏上了寻找另外两件神器的旅程，并决心将三件宝物送回“原来的归属之处”。途中，他遇到了丰臣家的后代小舞（長谷川京子 饰）以及负责保护她的真田忍者佐助（宮藤官九郎 饰）。然而，一行人不仅要面对接连不断的艰险，还必须躲避德川幕府的追杀。
与此同时，宇宙人兰（長谷川京子 饰）和牡丹（黒木メイサ 饰）也盯上了万源九郎等人手中的神器。各方势力心怀不同目的，敌人接踵而至。为了守护神器并完成父亲的遗愿，万源九郎只能挥舞大帝之剑，在重重围追堵截中杀出一条生路。
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