《神兵小将1》讲述了元始天魔祸害人间的故事。女娲娘娘为了造福人类，创造出许多能够帮助人类的神兽。然而，邪恶贪婪的元始天魔利用了神兽的善良，将它们污染成残暴的魔兽，并驱使它们四处作乱，妄图成为统治世界的霸主。
南宫城城主之子问天（马小冀配音）在一次偶然的机会中获得了神兽天晶兽（王凯配音）。令他意外的是，天晶兽能够幻化为神兵，拥有足以击败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹配音）继承了母亲血脉中的净化之力，可以帮助受到黑暗力量侵蚀的神兽恢复原状。在兄妹二人的默契配合下，正义一方的力量逐渐壮大。眼见自己的阴谋即将失败，元始天魔召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
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