恐怖组织“瓦干布”暗中渗透香港，一场围绕化学武器的争夺战随之展开。飞虎队总指挥范少锋（陈豪 饰）临危受命，带领队员与恐怖分子展开斗智斗勇的较量，却一步步陷入“瓦干布”布下的致命陷阱。特勤队警司展博文（马德钟 饰）于是召集警界精英张伟桦（张兆辉 饰）、张嘉轩（黄宗泽 饰）和高子乐（吴卓羲 饰），秘密组建反恐小组S Team。危机接踵而至，在国际刑警许俊飞（苗侨伟 饰）的协助下，中青两代警员最终放下彼此的恩怨与隔阂，携手阻止化武病毒在香港蔓延。
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