隐形怪杰粤语讲述记者立（林家栋）的故事。立性格乐天开朗，原本与父母及妹妹珊（杨千嬅）过着平凡快乐的生活，却因一宗钻石失窃案而被卷入连串麻烦。立的同乡井（林保怡）从内地来港投靠他，并坚称钻石是被一个隐形人偷走的。井找来女警岚（陈妙瑛）协助调查，担心岚受骗的立也加入其中。
与此同时，立遭对头杂志编辑图（陈启泰）设计陷害，被指控捏造假新闻。一次意外中，立喝下隐形药水，竟真的变成隐形人，于是借着这个特殊身份四处搜集证据，试图为自己洗脱罪名。调查期间，他遇上图的女友、记者颖（陈芷菁）。颖因意外暂时失明，未能察觉立的变化，两人在相处中渐渐成为好友。立曾暗示图是个阴险小人，却因为颖始终深信图而被误认为是在诋毁对方。
后来，颖无意间发现图的恶行，决定与他分手。立见颖伤心失落，便在一旁安慰她，两人的感情也逐渐升温。立与图的矛盾此时已发展到水火不容的地步，为了除掉这个眼中钉，图更展开了一场大规模的报复。
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