《铁血大旗门粤语》讲述了一个恩怨交织、命运曲折的武侠故事。云翼（关海山）率领的大旗门当年因护送宋帝昺失败，只得隐居大漠。十五年后，大旗门本想重出江湖，却因云翼的儿子云铿（陈庭威）爱上仇家之女冷青萍而功亏一篑，云翼被迫再次归隐。云铮（刘青云）与铁中棠（石修）也因此受到牵连，被逐出师门。
两人遭到仇家追杀时，铁中棠不慎跌落悬崖，幸得水灵光（麦翠娴）及其母木柔颂（马海伦）相救。中棠与灵光相处后互生情愫，却意外发现彼此竟是同父异母的兄妹。另一方面，云铮结识了温黛黛（刘淑华）。黛黛原是大旗门死敌司徒笑的养女，最初接近云铮是为了查探大旗门的下落，后来被他的真情打动，终于改邪归正。
此后，铁中棠与云铮接连获得奇遇，武功大有精进。然而，云铮却误以为中棠背叛了大旗门的秘密，更不惜冒死闯入日帝月后的长春岛，经历重重险境。与此同时，铁中棠也逐渐揭开了自己与水灵光之间的身世真相，整个故事由此陷入一连串惊心动魄的变故之中。
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