《女高怪谈1：死亡教室》讲述了发生在一所历史悠久的女子学校里的诡异故事。一天清晨，三年三班的学生发现班主任朴老师被吊死在树上。绰号老狐狸的朴老师生前曾打电话给阔别母校九年的许恩英，声称真珠并没有死，而且已经回到了学校。
如今以教师身份归来的恩英，发现母校依旧存在着动辄打骂学生的老师，例如被学生称作疯狗的那一位，只是真珠的身影早已不复存在。学生时代，恩英和真珠曾是亲密好友，却因老师的阻挠被迫分开。后来，真珠在自己最喜爱的画室里意外身亡。
多年之后，三年三班的学生们仿佛正在重演恩英曾经历过的青春。坐在真珠旧座位上的智伍同样热爱美术，成绩优异却性格高傲的素英是他的同桌，而总是笨拙地表达对智伍好感的洁仪，也被卷入这段复杂的关系之中。随着调查深入，恩英逐渐发现，学校里竟有一名不断更换姓名，却始终容颜不老的学生。
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