《史前巨鳄》讲述了古生物学家凯丽（布里吉特·芳达 Bridget Fonda 饰）调查一桩神秘死亡事件的故事。为查明真相，她不远千里来到事发地——一座年代久远的湖泊。随着调查深入，湖面平静之下似乎隐藏着某种极其可怕的存在，这也让凯丽逐渐确信自己的猜测并非空穴来风。
凯丽的发现很快在小镇引发轩然大波，有人深信不疑，也有人对此嗤之以鼻。就在相关议论达到高潮时，一名游客突然被不明物体拖入湖中，惨剧迫使所有人意识到事态远比想象中严重。随后，凯丽与湖泊管理员杰克（比尔·普尔曼 Bill Pullman 饰）、警长汉克（布莱丹·格里森 Brendan Gleeson 饰）等人展开调查。最终，他们在湖底发现了一只体型庞大、异常凶猛的史前巨鳄。
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