《第六日》将故事设定在不远的未来。那时克隆技术已经取得长足发展，但复制人依旧是法律绝对禁止触碰的领域，政府更颁布《第六天法》，严禁任何形式的人体克隆。
飞行员亚当拥有一个幸福的家庭，平日里与搭档一起驾驶飞机，将游客送往雪峰。由于本能地排斥违背自然规律的基因技术，他对克隆始终抱有反感。一天，亚当和搭档受雇于宠物克隆公司老板恰克，为其提供飞行服务，没想到搭档临时顶替他驾驶后竟发生意外。
亚当回到家时，惊讶地发现一个与自己一模一样的克隆人，正代替他参加自己的生日宴。还没来得及弄清真相，他便遭到身份不明的杀手追杀。随着调查深入，亚当终于意识到，自己已经成为宠物克隆公司进行人体复制实验的母体，而为了掩盖实验，他很可能随时面临被消灭的命运。
在逃亡途中，亚当与一个强烈反对克隆人计划的暴力组织合作，并成功潜入宠物克隆公司，控制了负责克隆技术的威尔博士。
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