《黑衣人2》的故事发生在第一部结束四年后。特警K（汤姆·李·琼斯饰）已经退休，过着普通人的生活，成为一名邮局局长；而J（威尔·史密斯饰）则继续在MIB执行任务。
卡洛瑟星的邪恶女王蛇莲娜来到地球，企图寻找蕴藏着宇宙能量的“萨塔之星”，并占领了MIB总部。多年前，逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB将“萨塔之星”藏在地球上。为了保护地球安全，负责此事的K拒绝了她。
面对步步逼近的蛇莲娜，MIB派J去寻找K，并调查当年事件的真相。然而，失去记忆的K早已不记得外星人的存在，如何让他重新相信这一切，成为J必须面对的第一个难题。
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