《赤毛》讲述了幕末时期一名参加倒幕运动的农民権三的故事。他怀抱着建立一个没有压迫、人人平等的新社会的梦想，主动加入进军江户的官军“赤报队”，并自愿担任先遣队士兵。由于队长所佩戴的“镜狮子”式头饰呈红色，这支队伍也被称为“赤毛”。権三借来队长的赤色头饰，回到自己的故乡，却发现村子早已被代官和当地黑帮势力共同控制。百姓饱受年贡盘剥，他的恋人とみ以及其他女性也被卖进女郎屋；与此同时，在一名兰学者的煽动下，年轻人正酝酿着起义，村中革命的气氛日益高涨。権三试图以自己的理想改变故乡，建立全新的秩序。
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