《紫雨风暴》讲述了1998年香港近海发生的一场生化危机。赤柬出身的恐怖分子从北韩雇佣军手中夺走了威力惊人的生化武器，交战期间，赤柬成员多特（吴彦祖 饰）身受重伤并失去记忆，随后被香港警方救治。
反恐怖组织指挥官马力（周华健 饰）负责调查此案。他破解多特身上的磁盘文件后得知，赤柬头目食客（甘国亮 饰）与关艾（何超仪 饰）已经掌握了这批武器，并计划将其发射到空中，制造一场致命的“紫雨”，让香港沦为死城。为阻止灾难发生，马力与心理专家Shirley（陈冲 饰）合作，设法让失忆的多特相信自己是警方派到食客身边的卧底。
食客以交出多特为条件向警方施压，双方爆发激战，最终食客将多特带走。重新获得食客信任的多特，开始试图完成卧底任务，却随着记忆逐步恢复，陷入了忠诚与真实身份之间的艰难抉择。
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