《杀手胭脂泪》讲述穆玲（叶玉萍饰）与父亲穆胜奋勇抵抗山贼的故事。虽然父女二人成功击退贼匪，穆胜却不幸战死。官兵随后赶到，不仅没有施以援手，反而闯入穆家村搜掠。穆玲愤懑之下失手杀死官兵头目，从此遭到追捕。
逃亡途中，丝绸商杜明（吴启明饰）出手相助，令穆玲得以躲过官府追查。东厂教头寒羽（刘锡明饰）欣赏她的胆识，设法迫使她加入东厂创立的杀手组织。穆玲心有不甘，几度设法逃走，最终还是接受了寒羽的训练。
厂公（徐忠信饰）巡视杀手训练时，认定穆玲心存异志，下令寒羽将她杀死。寒羽不但设局救下穆玲，更以性命为她担保，使她逃过一劫。患难与共之下，两人的感情逐渐加深。后来，厂公派穆玲执行屠杀清官一家的任务，她却发现目标竟是曾经帮助过自己的杜家，于心不忍，决意出手阻止。厂公于是命寒羽杀掉穆玲，寒羽暗中制造机会让她逃脱。得知真相后，厂公率兵追杀二人，双方陷入苦战。危急之际，死里逃生的杜明现身，并与厂公同归于尽。最终，寒羽与穆玲携手逃离江湖，浪迹天涯。
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