《杀手寓言 第二章》中，传说级天才杀手「寓言」（冈田准一 饰）拥有在六秒内解决任何目标的惊人能力，是令黑社会闻风丧胆的狠角色。奉「老板」（佐藤浩市 饰）之命，他与搭档（木村文乃 饰）伪装成兄妹，以「佐藤明」之名过起普通人的生活，并被禁止在大坂居住的一年期间杀害任何人。
某天，寓言意外结识了神秘的轮椅少女（平手友梨奈 饰），以及表面上十分关心孩子未来的非营利组织创办人宇津帆（堤真一 饰）。接连发生的种种异常事件，使他想起四年前执行过的一项暗杀任务。危机步步逼近，寓言能否继续遵守不杀人的命令，同时保护自己和身边的亲友？
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