《匿名使者》讲述了郭云飞追查父亲失踪真相的故事。十年前，他的父亲因报道一起CZ12文物走私案件而神秘失踪。为了查明真相，郭云飞接替父亲，成为新一任网络黑客“金手指”。随着调查深入，CZ12与丰润集团之间的隐秘关系逐渐浮出水面。为阻止“金手指”入侵，丰润集团请来黑客组织“粉碎者联盟”的成员山猫展开反击。
与此同时，警察沈昊也在暗中调查CZ12的真相。一个在现实中搜集证据，一个通过网络入侵追查丰润集团，警察与黑客由此展开了一场立场相同、身份却一正一邪的较量。调查过程中，沈昊和郭云飞始终亦敌亦友，但最终两人联手揭开了罪犯的丑恶面目。
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