《九龙秘藏》以民国时期为背景，彼时军阀混战不断，日本在东北扶植伪满州政权，暗中筹划侵华行动。远东古玩黑市上频频出现关外文物，引起中央文物保护组织的警觉。为保护流失在外的国宝，他们在远东铁路枢纽哈尔滨秘密开辟了一条国宝专线，将从关外收集的珍贵文物经铁路运往关内。
在众多远东古墓中，九龙镇的满清秘藏一直是盗墓贼觊觎的目标。为寻找这批宝藏，九龙镇周边炸山事件接连不断。与此同时，国宝专线已被日本军方察觉，保护组织不得不尽快终止这条运输线路。年轻考古学家张一鸣和杜萧奉命行动，必须在十日之内赶在专线取消前，将满清秘藏中的国宝送上最后一班列车。
怀着满腔爱国热情、却缺乏实战经验的两位文弱书生来到九龙镇，凭借所学的考古知识，展开了一场与盗墓贼及日本势力争分夺秒的国宝守护行动。
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