《黑色校规》的故事发生在光津高中。这里的学生留着统一的发型，穿着相同的制服，背着一模一样的书包，脚上也穿着同款鞋子，几乎没有任何个性可言。更严格的是，他们的一举一动都受到“黑色校规”的约束。
在这群看似毫无差别的学生中，高二学生小野田创乐却过着班级底层、糟糕透顶的青春生活。他的同班好友月冈中弥则与他截然不同，始终坚持特立独行。两人同时注意到了同一个女生——她因不服从学校规定而染上了栗色头发。创乐也在悄悄喜欢着这个拥有美丽栗色头发的女孩。为了她，创乐与中弥决定挑战并打破束缚学生们的校规。
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