通天塔2006交织讲述了发生在摩洛哥、墨西哥和日本的三个故事。
理查德（布拉德·皮特饰）与妻子苏珊（凯特·布兰切特饰）正面临婚姻危机，两人前往摩洛哥旅行。途中，苏珊在旅行车上遭到枪击。为了让她及时接受治疗，同行的美国游客只能滞留在当地一个偏僻的小村庄。警方则将这起枪击案认定为恐怖袭击并展开调查，但事件背后的真相其实出人意料地简单。由于理查德夫妇被困摩洛哥，他们家中的孩子也受到影响。负责照看孩子的墨西哥保姆为了参加儿子的婚礼，只好请侄子（盖尔·加西亚·贝纳尔饰）开车带着自己和孩子们前往墨西哥。然而返程过境时，他们遭到意外阻拦，警方怀疑保姆绑架了美国孩子，局势也逐渐失去控制。
在日本，聋哑少女千惠子孤独地生活在无声世界里。母亲自杀后，她与父亲之间的沟通变得更加困难。由于身体上的残疾，她始终得不到异性的关注，性格也愈发叛逆。于是，她开始用属于自己的方式，尝试与外界建立联系。
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