《蜘蛛巢城》以一串凄凉的歌声，揭开了蜘蛛城被预言笼罩的历史。战国时期，蜘蛛城深藏于密林之中，地势错综复杂，敌军一旦来袭便极易迷失方向。凭借这样的天然屏障，城主常年坐镇城楼，调遣各路大将迎击来敌，使城池固若金汤。
大将鹫津武时（三船敏郎 Toshiro Mifune 饰）与副将三木因平叛有功，正准备返回城中领赏。不料途中两人误入密林深处，遇见一名白发老妪。老妪一边抚琴，一边吟唱着诡异的预言。鹫津和三木认定这是敌人设下的圈套，便上前威逼，想让她说出真相。没想到，老妪预言鹫津将成为城主，而三木的儿子也将登上最高权位。就在两人半信半疑之际，老妪突然化作一道白光，转眼消失无踪。
回到城中后，鹫津果然被任命为北城城主。然而，预言在他心中埋下了野心，也令他始终无法满足现状。在妻子浅茅的怂恿下，鹫津最终弑杀君主，自立为蜘蛛巢城城主。只是，这场由预言引发的悲剧，才刚刚开始。
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