传说中，萌学园诞生于地球形成之初，是一所由夸克族人建立的魔法学校，隐藏在地球大气层外的平行空间之中。历代萌骑士肩负守护地球和平的使命，现任成员包括幻之星李昂霖、炎之星刘书宏、智之星林奕勋、十之星阿本与月之星彩虹。
一次抢救魔法生物的任务，让萌学园意外遭遇来自宇宙的黑暗力量莫尔斯。为了逼迫萌骑士交出磐古，莫尔斯扬言要召唤出萌学园的过去；如果他们拒绝，他便会施展魔法抽干地球上的水资源，使所有生命在干涸中走向灭亡。磐古究竟隐藏着怎样的秘密？为了拯救地球，萌骑士踏上寻找磐古的旅程，并逐渐发现，磐古的神秘力量与他们自身的魔法有着密不可分的联系。然而，想要阻止莫尔斯夺走磐古，他们又必须付出怎样的代价？一场攸关萌学园与地球存亡的关键战役即将展开。
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