《花水木》的故事始于1996年的北海道道东。为了参加一场不容错过的考试，美丽的女孩平泽纱枝（新垣结衣饰）与阳光爽朗的木内康平（生田斗真饰）意外相遇。然而，这场相逢并不顺利，康平因驾车发生事故，导致纱枝错过考试，自己也因此被学校责令退学。
尽管开端充满波折，两人却在相处中逐渐了解彼此，最终走到一起。临近毕业，他们的感情也迎来了现实的考验。康平继承家业，成为一名与大海为伴的渔夫；纱枝则历经艰苦准备，考入位于东京的早稻田大学。渐行渐远的距离和不断变化的生活，成为横亘在两人之间的难题。
与此同时，康平家遭遇破产危机，生活陷入困境；纱枝在求职过程中也屡屡碰壁。曾经亲密的恋情，似乎正一点点走向终点。本片创意源自一青窈的同名歌曲。
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