花好月圆讲述了元元公主（杨千嬅饰）的故事。她是皇帝盼望已久的女儿，却天生带有难以忍受的体臭，连宫中多位御医都束手无策。由于这个缺陷，公主自幼便无人愿意亲近。到了婚嫁之年，皇帝公开宣布，谁能治好公主的病，就将她许配给谁。
沈梦溪（任贤齐饰）只是一个贫穷的花匠，却决心与众多名医一较高下。首御医（钟镇涛饰）为了让自己的徒弟胜出，不仅处处刁难梦溪，还暗中使计令他落败。尽管如此，皇帝仍准许梦溪继续研制新药，为公主寻找医治之法。
一次偶然的机会，梦溪遇见了卖鱼少女含香（杨千嬅饰），发现她身上也带有与公主相同的气味。含香愿意协助梦溪进行试验，两人在一次次失败中共同踏上寻找花香香料的旅程，感情也逐渐加深。期限届满后，梦溪回到皇宫面见公主，这才惊讶地发现，原来公主正是自己一直以来最熟悉的女孩。
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