《第六感2003》讲述了一对拥有心灵感应的双胞胎姐妹张影月与张星月的故事。姐姐影月性格外向、嫉恶如仇，妹妹星月则内向胆怯。一个狂风暴雨的夜晚，星月惨遭蹂躏后身亡，赶到案发现场的影月凭借感应锁定了四名可能的嫌疑人。
为了查明真相，影月假扮成星月的鬼魂向第一名嫌疑人陈兆昌逼供，没想到对方竟被活活吓死。第二名嫌疑人马国标热心公益，影月凭直觉判断他不可能是杀害妹妹的变态凶手。第三名嫌疑人徐元科好色又爱贪小便宜，却离奇遭人神秘勒杀。最后一名嫌疑人曾英明表面道貌岸然，后来竟被发现烧炭自杀于车内。
随着四名嫌疑人相继死亡，所有线索也彻底中断。更大的不幸接踵而至，与影月一同调查案件的好友阿仪惨遭冷枪杀害。背负着复仇的痛苦，又不断面对死亡威胁，影月唯一能做的，便是闭上眼睛，追寻冥冥之中的指引。
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