《秘密图纸电影版》讲述了火车站月台上发生的一场意外：刚出差归来的李化（李力 饰）因一时疏忽，遗失了装有秘密图纸的公文包。公安局丁局长（邢吉田 饰）得知消息后，立即通知正在医院养病的侦察员石云（田华 饰）出院接受任务。石云随即展开调查，走访过程中，老中医古仲儒（刘季云 饰）逐渐进入她的侦查视线。石云的丈夫陈亮（王心刚 饰）是军区保卫干事，在上级安排下主动接近演奏家方莉（师伟 饰）。经过多方查访，石云发现厨师叶长谦（李壬林 饰）嫌疑重大。被捕后，叶长谦百般抵赖，甚至企图销毁图纸，但这一举动被石云当场识破。进一步分析后，石云确认古仲儒才是幕后操纵者，而方莉正是他的同谋。当方莉谎称姐姐生病，准备前往深圳，并声称途中要接一位老中医为姐姐看病时，公安人员开始展开收网行动……
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