《生理大叔和他的女儿》讲述了绰号“生理大叔”的光桥幸男（原田泰造）与女儿因一场网络炎上事件发生冲突，最终努力化解隔阂、重新和好的故事。
光桥幸男是一家生理用品公司的公关，也是独自抚养一名高中生女儿和一名中学生儿子的单亲父亲。半年前，他因参与制作一部呼吁大众了解女性生理的影片而意外走红，从此被称为“生理大叔”。然而，在一次直播资讯综艺节目中，他与同场评论员北城うらら（菊地凛子）发生争执，一时失言说出“我连女儿的生理期都一清二楚”，随即引发舆论炎上。
这场风波不仅让幸男陷入困境，也使女儿光桥花（上坂树里）饱受学校流言蜚语的困扰，最终离家出走。面对彼此在生理问题上的认知差异，幸男能否与女儿坦诚沟通，修复破裂的亲子关系，重新找回彼此的理解与信任？
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