《流感》讲述了一场突如其来的致命疫情。一批东南亚偷渡客历经艰险抵达韩国，却几乎全都死在集装箱里，只有一名幸存者拖着虚弱的身体逃进闹市。没人意识到，他正携带着危险的猪流感病毒。仅仅一天之内，病毒便迅速扩散到城市各处，许多人在毫无察觉的情况下被感染，死亡的阴影也随之笼罩身边的每一个人。
金仁海（秀爱 饰）是一名美丽的女医生，同时也是一位单身母亲。不久前，她曾遭遇车祸，幸得消防队救援人员姜智久（张赫 饰）及时救出，但因重要论文资料遗失，她又受到上司的严厉斥责。就在此时，韩国蛇头的弟弟因感染流感被送到仁海所在的医院。经过诊断，流感的源头终于逐渐浮出水面，而那具尸横遍野的集装箱，也成为寻找病毒来源的关键。
然而，猪流感病毒很快以几何级速度爆发蔓延。原本安稳生活的韩国民众，转眼间便陷入一场前所未有的灾难之中。
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