《横滨蓝调》讲述了住在横滨的BJ。他是一名蓝调歌手，每晚都在偏僻破败的酒吧里唱歌，但仅靠音乐难以维持生计，只好兼做类似私家侦探的杂事，赚取微薄的报酬。某天，BJ受托调查失踪少年明的下落。找到明时，他却发现对方已经成了黑帮头目、同性恋者牛宅麻豢养的男娼。第二天，BJ与多年未见、曾在纽约相识的好友兼刑警椋重逢，却亲眼目睹椋突然遭到杀害。椋的同僚红谷本就对BJ心怀不满，随即认定他与案件有关，并以审讯为名对他施以暴力。与此同时，牛宅麻也认为BJ已经接触到自己通过毒品交易维系的组织运作内幕，派人追杀他。接连陷入危机的BJ，只能在重重追逼下设法求生……
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